Morbier nació en secreto a finales del siglo XVIII. En ese momento, los agricultores del Franco Condado entregaban la leche de las vacas a la lechería del pueblo para la producción de Comté. El duro clima a veces frustró los viajes, lo que alentó a los granjeros a elaborar su propio queso.

Para proteger el pan de cuajada, obtenido de la leche del ordeño de la noche, los agricultores depositaban las cenizas tomadas «en el fondo del caldero». Por la mañana, para obtener un queso más grande, cubrían la primera parte del queso con el segundo ordeño. Nació un delicioso queso con raya cenicienta. Hoy en día, la franja negra de Morbier se traza con carbón vegetal.